Po upływie roku od operacji najczęstszą przyczyną jest zakażenie gronkowcami koagulazoujemnymi lub gronkowcem złocistym (Staphylococcus aureus), paciorkowcami, dyfteroidami lub bakteriami z grupy HACEK. Infekcyjne zapalenie wsierdzia prowadzi do: niszczenia wsierdzia i aparatu zastawkowego (przedziurawienie płatka, pęknięcie struny ścięgnistej, ropnie okołozastawkowe, tętniaki i przetoki); zatorów obwodowych, co prowadzi do zawałów różnych tkanek, mnogich ropni i zakażeń; nieadekwatnej odpowiedzi immunologicznej. Zmiany patologiczne swoiste dla infekcyjnego zapalenia wsierdzia: Wegetacje: konglomeraty drobnoustrojów, trombocytów, fibryny i komórek zapalnych; ruchome lub duże (> 10 mm) wegetacje zwiększają ryzyko zatorowości. Tętniaki zapalne (mykotyczne): powstają najczęściej w przebiegu zakażenia Staphylococcus aureus, zwykle w odgałęzieniach tętnicy środkowej mózgu, wywołane zatorem septycznym z wtórnym zniszczeniem ściany tętnicy.