Dziś prowadzą do niej 3 wejścia – poza głównym od zachodu, również 2 boczne przez dawne kaplice (od północy i południa).
Obecny, późnobarokowy ołtarz z II połowy XVIII w., zastąpił pierwszy, wczesnobarokowy, który przewieziono do Tarnogrodu. Znajdują się przy nim cztery kolumny, pomiędzy dwiema z nich umieszczony jest główny obraz, przedstawiający Św. Tomasza Apostoła, klękającego przy zmartwychwstałym Jezusie, a na bocznych ścianach prezbiterium 4 inne, ukazujące patrona kościoła. Na ołtarzu stoi srebrne tabernakulum rokokowe z połowy XVIII wieku.
Wewnątrz znajduje się 9 kaplic, po 4 w obu niższych nawach bocznych, oraz jedna przy prezbiterium (po jego prawej stronie). Poszczególne kaplice, bogate w cenne obiekty, ołtarze, obrazy, poświęcone są różnym postaciom i osobom:
Południowa (prawa) nawa boczna: kaplica Zamoyskich pw. Przemienienia Pańskiego (Ordynacka) – przy nawie ołtarza; umieszczono tu płytę nagrobną (z czarnego marmuru) Jana Zamoyskiego;