Ewolucja i systematyka Hipotetyczny przodek pakożera leśnego pojawił się w Ameryce Południowej ok. 2,5 mln lat temu. W tym czasie wskutek ewolucji filetycznej powstał współczesny pakożer leśny. Ostatnie badania mitochondrialnego DNA wskazują na wcześniejsze rozejście się linii ewolucyjnych psa leśnego od pozostałych gatunków (Wayne, 1993, Nowak, 1999). Do niedawna zaliczano go do podrodziny Simocyoninae (razem z cyjonem i likaonem). Czasami przeważała teoria bliskiego pokrewieństwa z wilczkiem krótkouchym czy majkongiem krabożernym. Najnowsze badania jednoznacznie wskazują, że najmniej różne DNA ma pakożer leśny z pampasowcem grzywiastym (Chrysocyon brachyurus). Pakożera leśnego klasyfikuje się w plemieniu Canini, w podplemieniu Speotha, sygnalizując jednoznacznie oddzielność genetyczną od pozostałych gatunków. Wyróżnia się trzy podgatunki pakożera leśnego.