W 1766 we franciszkańskim klasztorze miał ukrywać się Giacomo Casanova, poszukiwany po pojedynku przez stronnictwo BranickichEncyklopedia Warszawy, dz. cyt., s. 96.. W 1872 poddano remontowi budowlę, którą wcześniej (1813) naruszyła katastrofa sklepienia. W 1850 w tympanonie frontonu umieszczono obraz Matki Boskiej, a w 1851 ustawiono przed kościołem jej figurę (Niepokalanego Poczęcia) wykonaną przez Antoniego Messinga.
W 1866 roku została erygowana parafia. W 1867, w związku z kasatą zakonu oo. franciszkanów w ramach represji po powstaniu styczniowym, kościół przejęli księża diecezjalni. W następnych latach ołtarz główny przesunięto do ściany prezbiterium, zlikwidowano chór i zakrystię.
W 1895 roku zbudowano kaplicę Świętej Rodziny z ołtarzem wykonanym przez Wincentego Bogaczyka. W 1907 dobudowano kaplicę Najświętszego Serca Jezusowego.