Jednym z wikariuszy na początku XX wieku był błogosławiony ks. Michał Woźniak. Spalony kościół uległ znacznym zniszczeniom przez działania wojsk niemieckich podczas walk powstańczych w 1944 roku. Przez jego teren przebijała się ze Starego Miasta do Śródmieścia część kompanii „Rudy” z batalionu „Zośka” pod dowództwem hm. ppor. Andrzeja Romockiego ps. „Morro”Encyklopedia Warszawy, dz. cyt. s. 372.. W opuszczonym przez Niemców budynku, w kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego, znaleziono wtedy zwłoki 30 rozstrzelanych osób oraz kilkadziesiąt ciał oblanych benzyną i częściowo spalonych. W czasie powstania szczególnie ucierpiały ołtarz główny i ołtarze boczne, ambona i organy; ocalały kaplica Świętej Rodziny i krata oraz część sztukaterii przy sklepieniach kaplic. thumb|Tablica upamiętniająca poległych żołnierzy batalionu „Zośka” Świątynię odbudowano w latach 1950–1956 według projektu Karola Szymańskiego. Ołtarz główny został konsekrowany przez kardynała Stefana Wyszyńskiego 18 stycznia 1969 roku.
1 lipca 1949 kościół i parafia zostały ponownie przekazane zakonowi franciszkanów reformatów.
W 1965 świątynia została wpisana do rejestru zabytków.