Na wiosnę 1536 Maria była obecna w katedrze Notre Dame w Paryżu na ślubie swojego przyszłego męża, króla Jakuba V, z Magdaleną de Valois, najstarszą córką króla Francji. 9 czerwca 1537, Ludwik Orleański zmarł w Rouen, a Maria została wdową w wieku 21 lat. 4 sierpnia urodziła swojego drugiego syna. W tym samym roku zmarła na gruźlicę Magdalena de Valois, a jej mąż zaczął szukać we Francji kolejnej żony dla siebie, żeby umocnić sojusz szkocko-francuski przeciwko Anglii. Maria znalazła się w centrum uwagi, ponieważ Jakub zainteresował się właśnie nią, a jego wuj – Henryk VIII Tudor – król Anglii, starając się zapobiec temu małżeństwu sam poprosił o rękę Marii. Król Francji Franciszek I zaakceptował jednak Jakuba i przekazał ojcu Marii swoje stanowisko. Maria przyjęła te wieści z zaskoczeniem i zaniepokojeniem. Nie cieszyła jej perspektywa opuszczenia rodziny i ojczyzny, zwłaszcza, że właśnie w wieku zaledwie czterech miesięcy zmarł jej syn, Ludwik. Ojciec Marii starał się więc opóźnić decyzję, jak długo się dało, aż Jakub (być może czując niechęć Marii), napisał do niej list, w którym prosił ją o radę i wsparcie.