Maria zgodziła się na małżeństwo i przyspieszyła swój wyjazd.
Królowa Szkocji lewo|mały|Maria z Jakubem V 18 maja 1538, w katedrze Notre Dame w Paryżu, Maria de Guise poślubiła per procura Jakuba V (Jakub przebywał wtedy w Szkocji, zastąpił go Robert, lord Maxwell). W czerwcu, korzystając z całej floty statków wysłanych przez małżonka, Maria opuściła Francję. Została zmuszona do zostawienia małego Franciszka w starej ojczyźnie. Opuściła statek w Fife, dnia 10 czerwca i została oficjalnie powitana przez Jakuba. Kilka dni później pobrali się ponownie w St. Andrews. 22 lutego 1540, w Holyrood Abbey, została koronowana na królową Szkocji. Jakub i Maria mieli dwóch synów i córkę: Jakuba Stewarta (1540–1541), księcia Rothesay Roberta Stewarta (ur. i zm. kwiecień 1541), księcia Albany Marię I (1542–1587), królową Szkocji Król Jakub zmarł 6 dni po urodzeniu się jego córki. Regentem został James Hamilton, drugi earl Arran.