Sezon 2004/2005 Siłeks zakończył na 4. miejscu w lidze, a w Pucharze Macedonii odpadł w półfinale z Bashkimi Kumanowo (1:0 i 0:2). Zagrał również w Pucharze UEFA, jednak odpadł w I rundzie kwalifikacyjnej, ulegając słoweńskiemu NK Maribor (0:1 u siebie, 1:1 na wyjeździe). W sezonie 2005/2006 Siłeks bronił się przed spadkiem – po rozgrywkach ligowych drużyna uplasowała się na 9. miejscu, co oznaczało konieczność gry w barażach – tam Siłeks pokonał Madziar 1:0 po golu Stewicy Ristiḱa w 4 min. meczu. Ristiḱ zdobył tytuł króla strzelców Prwej Ligi w tym sezonie, kończąc go z dorobkiem 27 goli. W Pucharze Macedonii Siłeks po raz kolejny odpadł w półfinale, tym razem pogromcą była FK Makedonija Dźorcze Petrow.
Stadion Siłeks rozgrywa swe mecze jako gospodarz na Stadionie Miejskim w Kratowie, mogącym pomieścić 3 tys. widzów (2,5 tys. miejsc siedzących).
Sukcesy Mistrzostwo Macedonii: 1996, 1997, 1998 Puchar Macedonii: 1994, 1997, 2021, 2026
Europejskie puchary