Tuż przed rozwiązaniem organizacji przez władze sowieckie 11 lipca 1940 roku Związek Strzelecki gromadził 88 tys. członków i współpracowników. Do 22 czerwca 1941 roku blisko 80% członków departamentów, centrali i zarządu zostało uwięzionych lub zesłanych w głąb ZSRR. W latach 1940–1953 strzelcy brali aktywny udział w działaniach litewskiego ruchu oporu walczącego z okupantami niemieckimi i sowieckimi. Jednocześnie w czasie II wojny światowej z jej szeregów rekrutowała się także litewska kolaborancka formacja policyjna Ypatingasis būrys, odpowiedzialna za masowe zbrodnie na ludności żydowskiej i polskiej na Wileńszczyźnie.
Byli strzelcy i patriotyczni amerykańscy Litwini ogłosili przywrócenie Litewskiego Związku Strzeleckiego 7 marca 1954 roku w Chicago.
W okresie odradzania się państwowości litewskiej 1 czerwca 1989 roku podczas wiecu w Kownie zostało oficjalnie ogłoszone przywrócenie Związku Strzeleckiego. 20 września 1989 roku członkowie grupy inicjatorskiej odrodzenia Związku złożyli pierwszą przysięgę przy grobie założyciela i ideologa Vladasa Putvinskisa Strzelców w Kielmach. Ten dzień jest uważany za datę przywrócenia Związku Strzelców Litewskich.