W latach 1993–1994 linia uzyskała swój pierwszy zysk od początku komercjalizacji, ponadto w 1994 International Finance Corporation (IFC) został powołany do udzielenia pomocy w procesie prywatyzacji. w 1995 Kenya Airways po restrukturyzacji zadłużenia, podpisuje umowę z korporacją KLM, która kupiła 26% udziałów w Kenya Airways i stała się największym udziałowcem w 1996. W kwietniu 2004 linia ponownie wprowadziła własną markę Kenya Airways Cargo.

W 2005 linia zmieniła swoje barwy samolotów. Cztery pasy wzdłuż kadłuba zostały zastąpione słowami Pride of Africa, będącymi sloganem marketingowym linii, zaś logo KA umieszczone na ogonie zostało zastąpione logiem KQ, od którego zaczynają się oznaczenia lotów Kenya Airways. Od 2004 linia odrabiała długi, notowała duże zyski oraz przewoziła coraz więcej pasażerów.

4 września 2007 linie stały się pełnoprawnym członkiem sojuszu lotniczego SkyTeam.

Kenya Airways posiada również 49% udziałów w tanzańskiej linii lotniczej Precision Air.

Od 1 czerwca 2017 do 31 grudnia 2019 prezesem linii Kenya Airlines był Sebastian Mikosz, były dwukrotny prezes PLL LOT.