W okresie wojny i okupacji Jan Matłachowski wraz z innymi przeszedł do pracy w podziemnych strukturach cywilnych i wojskowych. W 1942 wraz z Karolem Stojanowskim wszedł w skład Wojennego Zarządu Głównego Stronnictwa Narodowego i Tymczasowej Narodowej Rady Politycznej, która była politycznym organem zwierzchnim Narodowych Sił Zbrojnych.
Zbliżał się koniec wojny i niemieckiej okupacji. W 1945 Wielka Koalicja cofnęła swoje dotychczasowe uznanie dla Rządu RP na uchodźstwie. Jan Matłachowski, przebywając w Polsce, kontynuował swoją pracę w strukturach naczelnych Stronnictwa Narodowego i Radzie Jedności Narodowej. Część działaczy Stronnictwa Narodowego po zajęciu Polski przez wojska radzieckie ujawniła się, nastąpiły aresztowania. Jan Matłachowski opuścił Polskę i dotarł w listopadzie 1945 do Londynu. Na uchodźstwie kontynuował początkowo swoją działalność jako członek emigracyjnego Stronnictwa Narodowego i kombatanckich organizacji AK. W 1951 wycofał się jednak z czynnej działalności w emigracyjnych strukturach Stronnictwa Narodowego wobec kontrowersyjnej tzw. „sprawy Bergu”.