Wobec zaistnienia korzystnych warunków umożliwiających repatriację, w 1961 powrócił do kraju. Po przybyciu do Polski znalazł i tu pewne możliwości szerzenia i głoszenia poglądów narodowych, skupiając w swoim mieszkaniu odwiedzającą go młodzież. Według historyka Sławomira Cenckiewicza był tajnym współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie „Maksym”. Miał zostać zwerbowany podczas pobytu na emigracji.
W 1978 wydał w Londynie nakładem emigracyjnego wydawnictwa swoją książkę Kulisy genezy powstania warszawskiego. Publikacja była kolportowana w drugim obiegu przez niezależne środowiska narodowe również w Polsce.
Sam Jan Matłachowski uczestniczył w wielu niezależnych inicjatywach patriotycznych i narodowych (np. 30 czerwca 1979 wygłosił referat w podziemiach kościoła św. Anny w Warszawie z okazji 60. rocznicy traktatu wersalskiego). W latach 80. działał w Polskim Związku Katolicko-Społecznym, gdzie był wiceprezesem ds. szkolenia. 10 października 1983 w swoim mieszkaniu przy ul.