W obliczu złej kondycji finansowej, klub ponownie uczynił z Wojciecha Szymanka głównego trenera z zadaniem utrzymania zespołu w III lidze. W marcu 2020 roku rozgrywki zostały przerwane z powodu pandemii COVID-19 w wyniku czego zespół Szymanka utrzymał się w lidze. Szymanek pozostał na swoim stanowisku po przejęciu klubu przez Gregoire'a Nitot. Na kilka kolejek przed zakończeniem sezonu 2020/2021 Polonia Warszawa poinformowała, że Wojciech Szymanek przestanie być trenerem z powodu niezadowalających wyników w rundzie wiosennej oraz utraty matematycznych szans na awans do II ligi.
Statystyki Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki1999/00Polonia II Warszawa 2000/01Polonia WarszawaI liga202001/02Polonia WarszawaI liga912002/03Polonia WarszawaI liga1802003/04Polonia WarszawaI liga2002004/05Polonia WarszawaIdea Ekstraklasa1012005/06Polonia WarszawaOrange Ekstraklasa1512006/07AE EgaleoSuper League Ellada2902007/08 (j)AE EgaleoBeta Ethniki002007/08 (w)Widzew ŁódźI liga512008/09Widzew ŁódźI liga1202009/10Widzew ŁódźI liga2002010/11Widzew ŁódźEkstraklasa2502011/12Czornomoreć OdessaPremier-liha2102012/13Polonia