Dzięki tym inwestycjom Zakłady Azotowe Kędzierzyn SA zostały skreślone z listy przedsiębiorstw najbardziej uciążliwych dla środowiska.
W 2000 r. przeprowadzono restrukturyzację spółki, powołując do życia system spółek biznesu. Powstało sześć jednostek biznesowych oraz wydzielono spółki-córki, które zostały utworzone z majątku dotychczasowych służb remontowych i pomiarowych, transportowych (spółka AutoZAK), Hotelu Centralnego i Hotelu Azoty w Ustce. W 2003 r. Spółka uzyskała certyfikat jakości PN-EN ISO 9001:2001 i PN-N-18001:1999. W sierpniu 2003 r. wydzielono ze Spółki Wydział Badawczo-Produkcyjny i utworzono Spółkę „Chemzak”.
W listopadzie 2004 r. polski rząd wyraził zgodę na wniesienie 80% akcji ZAK SA do Nafty Polskiej. Stanowiło to element przyjętej do realizacji nowej strategii restrukturyzacji i prywatyzacji sektora Wielkiej Syntezy Chemicznej. W styczniu 2005 r. wyodrębniona została jednostka Klejów – Silekol Sp. z o.o., którą w grudniu tego samego roku kupił Pfleiderer Grajewo SA W 2006 r. rozpoczęto przygotowania do sprzedaży 80% akcji ZAK SA niemieckiej firmie PCC AG, jednak transakcja nie doszła do skutku z powodu zbyt niskiej ceny oferowanej przez PCC.