Fundacja im. Heinricha Bölla prowadzi lokalne biura we wszystkich 16 krajach związkowych Niemiec. Są to niezależne i stowarzyszone podmioty, które wdrażają programy na rzecz społeczności lokalnych oraz regionalnych w obszarach takich jak ekologia, demokracja, migracja czy demokracja płci. Działalność nie ogranicza się jednak do zagadnień regionalnych czy ogólnokrajowych, a niektóre projekty współpracy mają zasięg międzynarodowy. Mimo swojego niezależnego statusu prawnego wszystkie oddziały landowe wchodzą w skład struktury Fundacji i są związane jej statutem (np. mają obowiązek działać na rzecz dobra publicznego czy przestrzegać kwot w zatrudnianiu kobiet).
Program stypendialny Poza działalnością w sferze polityki i kultury centrala Fundacji im. Heinricha Bölla w Berlinie oferuje także stypendia dla studentów i studentek oraz doktorantów i doktorantek uczelni niemieckich. Są one dostępne we wszystkich dyscyplinach akademickich, a ich liczba sięga ok. 1000 stypendiów rocznie.