Archiwa naukowo-badawcze Fundacja im. Heinricha Bölla prowadzi w Berlinie dwa archiwa: Archiv Grünes Gedächtnis (Archiwum Zielonej Pamięci) oraz Petra-Kelly-Archiv (Archiwum Petry Kelly), a ponadto wspiera Heinrich-Böll-Archiv (Archiwum Heinricha Bölla) w Kolonii. Archiwum Zielonej Pamięci gromadzi dokumenty dotyczące historii niemieckiej Partii Zielonych oraz nowych ruchów społecznych w Niemczech, w tym materiały dotyczące ruchów ekologicznych, antynuklearnych, feministycznych i pokojowych w Niemczech Zachodnich po roku 1968, a także ruchu na rzecz praw obywatelskich w Niemczech Wschodnich. Oprócz oficjalnych dokumentów partii politycznych oraz dokumentów przekazanych przez działaczy i działaczki lub ich spadkobierców archiwum posiada obszerne zbiory plakatów kampanijnych, fotografii, treści internetowych oraz nagrań audio i wideo. Archiwum Petry Kelly gromadzi i przechowuje elementy dziedzictwa politycznego tej działaczki i polityczki, w tym materiały dotyczące międzynarodowych ruchów walczących z bronią jądrową oraz działających na rzecz rozbrojenia, pokoju, praw człowieka i emancypacji Archiwum Heinricha Bölla gromadzi i dokumentuje wszystko, co dotyczy życia i twórczości tego niemieckiego laureata Nagrody Nobla w dziedzinie literatury.