Trzecią część stanowi Scherzo, które zostało niemal ukończone w szkicach fortepianowych oraz dwie strony jego instrumentacji. Wątpliwości muzykologów oraz badaczy twórczości Schuberta budzi ostatnia czwarta część. Istnieje wiele hipotez na ten temat. Pierwsza z nich mówi, że pierwotnie jako finał symfonii był przeznaczony Entr’act h-moll z Rosamundy. Drugą możliwością jest, że Schubert napisał inny finał, który zaginął.
Autorzy rekonstrukcji III części Symfonii h-moll, Scherza (w nawiasie podano datę rekonstrukcji)Brian Newbould – Schubert and the Symphony. A New Perspective, Toccata Press, 1992, s.301. Geoffrey Bush (1944) Denis Vaughan (ok. 1960) Gerald Abraham (1970) Florian Hollard (1976, wersja zrewidowana 1977–1978) Stephen Casale (1978) Brian Newbould (1982) Anton Safronov (2005, wersja zrewidowana 2007)The Guardian, 11 July 2007