W roku 1924 mężem Anny Chrzanowskiej został jej profesor, starszy o 10 lat Jerzy Kowalski, filolog klasyczny na lwowskim uniwersytecie. W okresie międzywojennym wiele podróżowali po Europie: byli m.in. we Włoszech, Paryżu, także w Lozannie (gdzie Kowalska uczęszczała na wykłady z literatury łacińskiej), Berlinie i Monachium (gdzie również słuchała wykładów uniwersyteckich). Małżeństwo to, oparte (jak świadczy dziennik) bardziej na szacunku i czułości, niż wielkim uczuciu, miało okresy wzajemnej obcości, to znów odnalezionego na nowo ciepła. W roku 1946 we Wrocławiu urodziła się ich córka Maria, zwana w domu Tulą.
Po wybuchu wojny Kowalscy pozostali w radzieckim już Lwowie: Jerzy wykładał dalej na uniwersytecie, Anna obserwowała ze zgrozą polityczne represje (jej brat trafił do więzienia, a bratową Rosjanie deportowali na Syberię). W roku 1943 trafili do Warszawy, gdzie Kowalska włączyła się w życie konspiracyjne. Była w mieście podczas powstania warszawskiego.