Czaszka thumb|left|Niekompletna czaszka scelidozaura według Owena Inaczej, niż w przypadku późniejszych ankylozaurów, czaszka scelidozaura była niska, dłuższa niż szersza i miała trójkątny kształt. Podobny kształt czaszki posiadały inne prymitywne ptasiomiedniczne. Mała głowa scelidozaura łączyła się z szyją dłuższą, niż u większości dinozaurów pancernych. Miał bardzo małe, liściokształtne zęby policzkowe odpowiednie do ścinania roślinności. Sądzi się, że jadł dzięki prostym ruchom szczęk w górę i w dół, gdy zęby zachodziły na siebie, wkłuwając się i miażdżąc jedzenie. Scelidozaur, podobnie jak pozostałe prymitywne ptasiomiedniczne, miał jeszcze pięć par okien w czaszce, w przeciwieństwie do późniejszych ankylozaurów, a jego zęby zachowały liściowaty kształt w większym stopniu, niż u przyszłych dinozaurów pancernych.