Z biegiem czasu kapituła katedralna rozszerzyła swoje prawa poprzez zawieranie umów z kandydatami na biskupa jeszcze przed elekcją.

Świecka potęga księstwa znacznie wzrosła za panowania biskupa Ottona II, hrabiego Lippe (1247-59). W tym okresie miasto Münster z pomocą kapituły katedralnej próbowało uniezależnić się od biskupa, jednak bez powodzenia. Już w XI wieku narodziła się praktyka, że wszyscy biskupi należeli do rodów magnackich mających swe posiadłości w okolicach. Z tego powodu diecezja częściej rządzona była tak, by przynosić korzyść dla rządzącego nią rodu niż dla Kościoła. Konsekwencją tego było częste mieszanie się biskupów w spory między rodami szlacheckimi. Cierpiały na tym zarówno sprawy kościelne, jak i mieszkańcy księstwa. Warunki panujące w państwie przekroczyły granice możliwości jego mieszkańców, gdy doszło do wojny o władzę nad biskupstwem w latach 1450–1457. Bezwzględny sposób sprawowania władzy przez biskupa Henryka II z Moers (1424-50) w znaczącym stopniu zwiększył stopień niezadowolenia poddanych, szczególnie w mieście Münster. Po jego śmierci większość kapituły katedralnej wybrała Walrama z Moers, brata zmarłego Henryka, będącego jednocześnie arcybiskupem Kolonii. Jednak miasto Münster i mniejsza część kapituły katedralnej żądała wyboru Eryka z Hoya, brata hrabiego Jana z Hoya.