Pomimo tego, że elekcja Walrama została zatwierdzona przez papieża, wybuchła wojna między pretendentami do władzy nad księstwem, podczas której Walram nie był w stanie rozciągnąć swej władzy nad miastem Münster. W roku 1457, po śmierci Walrama, doszło do ugody między obu walczącymi stronami, w której potwierdzono przywileje dla miasta. Jednak niespodziewanie dla obu zwaśnionych stron papież mianował biskupem Jana II, hrabiego palatyna Simmern (1457-66).
Pod rządami nieudolnego i w pełni skoncentrowanego na doczesnych sprawach biskupa Fryderyka III (1522-1532), brata arcybiskupa Kolonii Hermana z Wied, w księstwie szybko rozprzestrzeniał się Luteranizm, szczególnie w mieście. Jego następca, Franciszek z Waldeck (1532-1553) nie tylko nie przeciwstawiał się Reformacji, ale ją nawet wspierał. Obok biskupstwa Münster miał on wówczas we władaniu jeszcze dwa inne biskupstwa – Minden i Osnabrück. Wykorzystując Reformację zamierzał zsekularyzować wszystkie trzy biskupstwa, połączyć je i utworzyć z nich świeckie księstwo. Ze względu na zajmowane stanowisko zobowiązany był do działań przeciwko Anabaptystom, których poglądy szczególnie szerzyły się w mieście Münster.