Jednak nie tylko nic nie robił dla odzyskania pozycji utraconych przez Kościół katolicki, lecz wręcz przeciwnie, gdyż w końcu przystąpił do Ligi Szmalkaldzkiej, której zadaniem była obrona protestantyzmu na terenie Rzeszy Niemieckiej. Kolejny biskup, Wilhelm Kettler (1553-57) był bardziej protestantem niż katolikiem. Chociaż uważał się za administratora Kościoła katolickiego i uznał postanowienia soboru trydenckiego, odmówił jednak zastosowania się do poleceń Rzymu i zrezygnował w roku 1557.

Biskup Jan Wilhelm z Kleve (1574-1585) w 1575 roku odziedziczył Księstwo Kleve, a gdy wziął ślub, zrezygnował z władzy nad diecezją Münster. Jednak z powodu przeciągającej się wojny dyplomatycznej o władzę nad biskupstwem między katolikami a protestantami, diecezja była aż do 1585 roku zarządzana przez byłego biskupa, a w tym okresie jedynie księcia Kleve, Jana Wilhelma. Utrzymanie religii katolickiej w diecezji zostało zapewnione dzięki zwycięstwu Ernesta Bawarskiego (1585-1612), który w tym czasie był także biskupem Freising, Hildesheim i Liège, oraz arcybiskupem Kolonii. Z wielką gorliwością podjął się działań kontrreformacyjnych, zapraszając przy tym do pomocy jezuitów i zachęcając do zakładania klasztorów ze starą regułą, lecz pomimo tych wysiłków nie zdołał naprawić wszystkich poniesionych przez katolicyzm strat.