Choroba ojca spowodowała, że zaczął walczyć ze swoimi braćmi o władzę. Po wielu krwawych walkach, uwięzieniu ojca i zabiciu brata Dary, Aurangzeb koronował się w Delhi w 1659. Nowy władca zerwał z raczej tolerancyjną polityką Mogołów wobec w większości nie-muzułmańskiej ludności Indii. Starał się także wykorzenić nowatorskie prądy ideowe w islamie (takie jak sufizm) i narzucał ścisłe przestrzeganie skodyfikowanego prawa islamskiego (szariatu). Był pierwszym w historii władcą narzucającym szariat nie-muzułmańskiej ludności. Fanatyczne rozumienie islamu spowodowało, że zabronił nawet wykonywania muzyki, tańca i śpiewu oraz świętowania urodzin cesarza. Zakazał malowania słynnych mogolskich miniatur i nakazał zniszczenie nie tylko wizerunków żywych istot, ale nawet roślin. Nakazał burzenie świątyń innych wyznań, zamknięcie nie-islamskich szkół religijnych i zakazał praktykowania nie-islamskich religii pod karą śmierci. Te działania oraz rygorystyczne pobieranie „podatku od niewiernych” (dżizja) spowodowały wybuch wielu buntów przeciwko niemu (m.in. rebelii w Marwarze i Mewarze). Aurangzeb nakazał torturowanie i zabicie Dziewiątego Guru Sikhów – Teg Bahadura za odmowę przyjęcia islamu. Ta zbrodnia spowodowała wybuch walk z Sikhami.