Faworyzował przymusowe nawrócenia na islam, często za pomocą przekupstwa.
Z drugiej strony Aurangzeb rozpoczął intensywną i kosztowną militaryzację państwa, aby rozszerzyć władzę islamu na cały Półwysep Indyjski. Jednak jego fanatyzm powodował zaciekły opór ze strony hinduistycznych władców i chociaż wielokrotnie zwyciężał (zdobył Bidźapur i Golkondę), to ogromnym kosztem. Nierozstrzygnięte walki trwały ponad 20 lat, wyczerpując skarb państwa.
Zyskał kontrowersyjną sławę niszczyciela tysięcy świątyń (w tym wielkiej świątyni Narodzenia Kryszny w Mathurze oraz wszystkich świątyń w Waranasi); często wznosił meczety na ich ruinach. Hindusi broniący świątyń byli masakrowani. Po śmierci Aurangzeba rządy objął jego najstarszy syn Bahadur Szah I, który wkrótce musiał stawić czoła siłom odśrodkowym uruchomionym polityką ojca. Po rychłej śmierci Bahadura (1712) imperium się rozpadło pod naporem wojowniczych Marathów, których Aurangzeb bezskutecznie próbował poskromić.
Historycy oceniają rządy Aurangzeba negatywnie jako początek końca potęgi Mogołów w Indiach. Skutki nietolerancji Aurangzeba są widoczne do dzisiaj w postaci ostrego konfliktu między indyjskimi wyznawcami islamu i hinduizmu, często dotyczącymi sporów o miejsca święte, zniszczone przez Aurangzeba.