Organy Międzynarodowej Konferencji Jeziora Bodeńskiego Struktura organizacyjna IBK jest typowa dla tego typu organizacji międzyregionalnych. Wiodącą rolę odgrywają coroczne sesje Konferencji Szefów Rządów oraz Stały Komitet, natomiast działalnością IBK na co dzień zajmuje się Przewodniczący oraz Biuro IBK w Konstancji. Oprócz tego funkcjonują liczne komisje i grupy robocze.
Konferencja Szefów Rządów W sesjach Konferencji biorą udział szefowie rządów regionów członkowskich lub też inni przedstawiciele rządów regionów członkowskich, którzy zostali przez te organy regionalne wybrani stałymi przedstawicielami. Konferencja zajmuje się wytyczaniem długofalowych działań organizacji, a także rozwiązywaniem najpoważniejszych problemów, które wynikły w trakcie działalności IBK, a nie mogą być rozwiązane przez organy niższego szczebla. Organ ten uchwala budżet na następny rok oraz przyjmuje sprawozdanie z wykonania budżetu z minionego okresu. Konferencja ma także prawo wydawania rezolucji i zaleceń regionom członkowskim. Konferencja Szefów Rządu z reguły odbywa się raz do roku na oficjalnym posiedzeniu, które jest zwoływane przez przewodniczącego IBK. Dodatkowo szefowie regionów spotykają się również co roku na nieformalnym spotkaniu, na tzw. „rozmowach strategicznych”.