Spotkanie to stwarza możliwość przedyskutowania w swobodnej atmosferze nowych potrzeb regionu a także najnowszych osiągnięć. Ostatnia Konferencja Szefów Rządów odbyła się w grudniu 2006 roku w Zurychu. Głównym tematem spotkania było podsumowanie osiągnięć IBK podczas przewodnictwa kantonu Zurych, działalność Międzynarodowej Szkoły Wyższej Bodensee (IBH) oraz wykonywanie zadań Agendy 21.
Przewodnictwo Międzynarodowej Konferencji Jeziora Bodeńskiego Od 2003 roku region członkowski, który sprawuje przewodnictwo w IBK, zmienia się co roku. Region ten jest wybierany jednomyślnie podczas Konferencji Szefów Rządów przez wszystkich członków. Przewodniczącym organizacji jest szef rządu regionu członkowskiego lub stały przedstawiciel w Komitecie. Przewodniczący IBK reprezentuje organizację na zewnątrz. Jego zadaniem jest także zwoływanie i prowadzenie Konferencji Szefów Rządu. Region przewodniczący organizacji rozwiązuje również bieżące problemy IBK. W jego działaniach wspiera go Biuro IBK. W zeszłym roku regionem, który przewodniczył IBK był kanton Zurych. Natomiast od stycznia 2007 roku organizacją kieruje Otmar Hasler, szef rządu Księstwa Liechtenstein.