Do morganukodontów zalicza się kilkanaście gatunków grupowanych w obrębie 16 rodzajów, co czyni je najliczniejszym rzędem wczesnych ssaków. Do rodziny Morganucodontidae zalicza się rodzaj Morganucodon z gatunkiem typowym M. watsoni i ponadto obejmujący M. heikuopengensis, M. oehleri, M. peyeri. Rodzina Megazostrodontidae zawiera rodzaj Megazostrodon z gatunkiem typowym M. rudnerae i ponadto z M. chenali. Rodzaju Brachyzostrodon z gatunkiem typowym B. coupatezi i kolejnym B. maior nie zalicza się do żadnej rodziny, podobnie jak Paceyodon z gatunkiem P. davidi oraz również monotypowego Rosierodon anceps czy Paikasigudodon z gatunkiem typowym nazywanym uprzednio Kotatherium yadagirii.
Zwierzęta te cechowały się czaszką o cechach mieszanych, zarówno nawiązujących do niessaczych cynodontów, jak i przypominających spotykane u Sinoconodon i Adelobasileus, mieszczącą większy niż u ich przodków mózg z dobrze rozwiniętymi ośrodkami węchu i słuchu. Miały pojedynczą dużą kość budującą żuchwę (kość zębowa) o trzech dobrze rozwiniętych wyrostkach: dziobiastym, kątowym i stawowym, jednak łączącą się z resztą czaszki jeszcze za pomocą podwójnego stawu.