Ważnym elementem rozgrywki jest także umiejętność wtopienia się w tłum. Można zrobić to np. wtapiając się w tłum kapłanów i rozpocząć modlitwę, co nie wzbudza niczyich podejrzeń, aby znienacka zaatakować odpowiednią osobę i zadać jej śmiertelny cios. Istnieją także inne sposoby na uniknięcie konfrontacji ze strażą – bohater ma możliwość schowania się do stogu siana czy udawania zwykłego cywila, siedząc na ławce.
W grze występuje również oryginalny system walki. Opiera się on na atakach i kontratakach wymierzanych po ciosach przeciwnika. Siłę oraz szybkość ciosów można regulować. Tak samo jest z przeciwnikami – walkę należy prowadzić tak długo, aż któraś ze stron popełni błąd i przyjmie pchnięcie.
Jednym z najistotniejszych elementów rozgrywki jest wspinanie się. Podczas gry gracz ma możliwość włączenia swobodnego biegu, dzięki czemu Altaïr nabiera prędkości i sam wybiera odpowiednią drogę poprzez wchodzenie na budynki czy akrobacje na elementach środowiska. Ten pozornie łatwy element całkowicie może odmienić drogę do likwidacji celu, dając graczowi dużą swobodę działania.