System sterowania został rozwinięty i zmieniony względem innych tego typu produkcji. Każdy przycisk odpowiada konkretnej części ciała. Możliwe są także liczne kombinacje, dzięki czemu pozornie niewinne popchnięcie przy odpowiedniej sytuacji i inwencji gracza może być mocnym uderzeniem, niekiedy źle odbieranym przez inne postacie. Ubisoft rozbudował swój pomysł poprzez dwa zestawy ruchów. W podstawowej postawie poczynania bohatera są delikatne i powolne, co umożliwia wtopienie się w tłum (niski status), przytrzymując jednak odpowiedni przycisk, Altaïr zmienia siłę i typ czynności, czyniąc np. zwykły krok spacerowy sprintem (wysoki status) Taka czynność znacznie ułatwia poruszanie po świecie, wzbudza jednak podejrzenia i jest źle odbierana przez przechodniów i siły porządkowe.
Bohater dysponuje różnymi rodzajami broni. Głównym orężem jest jednoręczny miecz, a narzędziem likwidowania celu ukryty sztylet. Wraz z postępem w grze gracz otrzymuje liczne ulepszenia, np. noże do rzucania, większą ich ilość, potężniejsze miecze czy nowe umiejętności walki oraz wspinaczki.