W 1940 niemieckie władze okupacyjne wyraziły zgodę na otwarcie Staatliche Musikschule in Warschau, mającej kształcić muzyków zespołowych, w której prowadzili zajęcia wykładowcy Konserwatorium. Podczas powstania warszawskiego, w 1944, główny budynek uczelni, znajdujący się przy ul. Okólnik 2, został zburzony przez Niemców.

Po II wojnie światowej w 1946 szkoła otrzymała nazwę Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej, a zajęcia prowadzone były w pałacykach przy Alejach Ujazdowskich. W latach 40 XX w. jej prorektorem był prof. Faustyn Kulczycki. W 1962 szkoła otrzymała status akademicki, co dało jej możliwość wydawania dyplomów magistra sztuki na wszystkich kierunkach studiów.

W roku 1955 został zorganizowany konkurs architektoniczny na koncepcję nowego budynku dla PWSM w Warszawie. Konkurs ten wygrała praca nr 62 wykonana przez zespół, którego skład stanowiło pięć osób: Witold Benedek, Stanisław Niewiadomski, Stefan Sienicki, Władysław Strumiłło, Zbigniew Michejda.