Szachownice kwitną od połowy wiosny do wczesnego lata. Szachownica żółta kwitnie 12 dni, licząc od pojawienia się pąka kwiatowego. Pylniki produkują pyłek przez okres od 2 do 4 dni. Słupek dojrzewa wcześniej, stając się receptywnym po 2–3 dniach po otwarciu kwiatu.
Gatunki szachownic o wymiarach miodników przekraczających 4–12×1–4 mm, produkujących więcej fruktozy niż glukozy, są zapylane głównie przez osy. Owadami zapylającymi rośliny o mniejszych miodnikach są przeważnie trzmiele.
Pod koniec XX wieku w Europie zaobserwowano, że na nektarze szachownicy cesarskiej żerują sikory modre i sikory bogatki, stając się zapylaczami tych roślin.
Oskrzydlone nasiona są przystosowane do rozsiewania przez wiatr.
Interakcje z innymi gatunkami Cebule szachownicy cesarskiej zawierają substancję chemiczną o silnym, nieprzyjemnym aromacie, który przenika do gleby i powietrza. Zapach ten jest odstręczający dla gryzoni i zającowatych.
Cechy fitochemiczne W cebulach wielu gatunków szachownic obecne są alkaloidy steroidowe, takie jak peimissyna, werticyna, wericynon, imperialina, izowertycyna i ebeiedyna. Skład i zawartość tych alkaloidów są specyficzną cechą gatunkową.