Jego bliski przyjaciel, Clark Kent, nadal działający jako Superman, próbuje ułożyć życie po rozwodzie z Lois Lane. Clark pełni rolę drużby na ślubie Bruce’a, podczas którego narzeczona Bruce’a ginie. Bruce obwinia Clarka o jej śmierć. Okazało się, że Lex Luthor i Joker sprzysięgli się, by nastawić przeciw siebie obu superbohaterów. Batman i Superman porę się godzą i decydują rozprawić się ze złoczyńcami. Datę premiery planowano na 2004 roku, jednak projekt padł ofiarą sporu di Bonaventury z prezesem i dyrektorem operacyjnym Warner Bros., Alanem F. Hornem, o kierunek, w jakim powinno zmierzać studio. Horn preferował scenariusz autorstwa J.J. Abramsa do niezależnego filmu o Supermanie, Superman: Flyby, który miał być pierwszą częścią planowanej trylogii i rozesłał kopie obu projektów do dziesięciu innych dyrektorów firmy i poprosił ich o opinie. Głosowanie zakończyło się wynikiem 11 do 1 na korzyść Superman: Flyby. Jedynym głosem sprzeciwu był di Bonaventura, który traktując to jako symptom głębszego rozłamu, zrezygnował ze stanowiska we wrześniu 2002 roku.