miejsce, zdobywając 165 punktów.
Sezon 2016/2017 Letnie Grand Prix 2016 rozpoczął od zwycięstwa w Courchevel. W trzech kolejnych konkursach rozgrywanych na przełomie lipca i sierpnia również stawał na podium, dwukrotnie zwyciężając i raz zajmując drugie miejsce. Nie brał udziału w zawodach rozgrywanych w Azji, a po powrocie do rywalizacji w październiku odniósł kolejne dwa zwycięstwa, w kończącym letnią część sezonu konkursie w Klingenthal wygrywając z przewagą blisko 30 punktów nad Kamilem Stochem. W całym cyklu zwyciężył, uzyskując 580 punktów – o 229 więcej niż drugi Andreas Wellinger.
W dwóch pierwszych konkursach Pucharu Świata 2016/2017 zajmował kolejno 5. i 8. miejsce. 3 grudnia w Klingenthal reprezentacja Polski z Kotem w składzie odniosła pierwsze w historii zwycięstwo w konkursie drużynowym Pucharu Świata, a on sam uzyskał najlepszy indywidualny wynik zawodów. Po dwóch kolejnych startach zakończonych zajęciem 5. pozycji, 11 grudnia w Lillehammer zajął 2. miejsce, tym samym po raz pierwszy w karierze stając na podium konkursu indywidualnego Pucharu Świata. Wyprzedzony został jedynie przez Kamila Stocha. Trzy spośród konkursów 65. Turnieju Czterech Skoczni ukończył w pierwszej dziesiątce, a w klasyfikacji generalnej zajął 4. miejsce.