kibiców wygrała z Dyskobolią 2:1. Od listopada 1993 do 2 lipca 1996 Dyskobolia występowała jako fuzja z Orkanem Ptaszkowo pod nazwą KS Dyskobolia/Orkan Grodzisk Wielkopolski. W 1996 roku Dyskobolia po raz pierwszy w swej historii awansowała do II ligi. W 1997 po roku gry w II lidze, Dyskobolia wywalczyła awans do ekstraklasy. W 1998 roku klub z Grodziska zajął 16. miejsce w ekstraklasie i spadł do II ligi. W 1999 roku klub ponownie wywalczył awans. 27 listopada 2000 założono Groclin Dyskobolię Sportową Spółkę Akcyjną w Grodzisku Wielkopolskim. Stowarzyszenie sportowe funkcjonuje jednak nadal z odrębnymi władzami – ogranicza się jednak do prowadzenia szkolenia młodzieży. W 2003 klub wywalczył wicemistrzostwo Polski. Następnie grając w Pucharze UEFA (sezon 2003/2004) wyeliminował niemiecką Herthę oraz angielski klub Manchester City. Po dramatycznym boju Dyskobolia musiała uznać wyższość francuskiego Girondins Bordeaux i zakończyła udział w pucharze na 1/16 finału. W sezonie 2004/2005 Dyskobolia ponownie zdobyła tytuł Wicemistrza Polski. Oprócz tego jej piłkarze pokonali Zagłębie Lubin w finale Pucharu Polski, jednak w 2020 r.