Zarząd Polskiego Związku Piłki Nożnej pozbawił Dyskobolię tytułu zdobywcy Pucharu Polski w sezonie 2004/05, w związku ze stwierdzeniem oszustwa sportowego90minut.pl: PZPN pozbawił Dyskobolię tytułu zdobywcy Pucharu Polski 2004/05.. Był to efekt afery korupcyjnej w polskiej piłce nożnej. 1 maja 2007, dzień po 85-leciu klubu, Dyskobolia zdobyła Puchar Polski, pokonując w finale w Bełchatowie Koronę Kielce 2:0. 10 czerwca 2007, klub zdobył Puchar Ekstraklasy w jego pierwszej edycji, pokonując w finale w Bełchatowie GKS Bełchatów 1:0. 3 marca 2008 na konferencji prasowej ogłoszono fuzję grodziskiego klubu ze Śląskiem Wrocław. Umowę przedwstępną w tej sprawie podpisali prezydent Wrocławia Rafał Dutkiewicz, prezes Dyskobolii Zbigniew Drzymała oraz dotychczasowy współwłaściciel Śląska Andrzej Mazur. Umowa zakładała powstanie jednego klubu, który miał zachować nazwę, barwy i tradycję klubu Śląsk WrocławCała wiadomość:.. Negocjacje w sprawie fuzji trwały kilka miesięcy, jednakże już 11 czerwca Rafał Dutkiewicz wycofał się z pomysłu połączenia zespołów, oficjalnie z powodu braku zgody wszystkich klubów politycznych w radzie miejskiej Wrocławia. W związku z tym Zbigniew Drzymała rozpoczął negocjacje na temat fuzji z Pogonią Szczecin.