Badania archeologiczne wykazały obecność wtórnie użytych kostek oraz ułamków płytek romańskich, co może wskazywać na istnienie wcześniej budowli romańskiej.
W XIV wieku w tutejszej parafii funkcjonujonowało równolegle dwóch proboszczach – stan taki prawdopodobnie wynikał ze sporu między dwoma gałęziami rodu Leliwitów, potomków fundatora, o prawo patronatu nad świątynią. W 1490 dzięki staraniom Leliwitów kościół podniesiono do rangi kolegiaty. Przy tej okazji zniesiono podwójne probostwo – jeden z proboszczów został prepozytem, a drugi dziekanem kapituły. Przy kościele funkcjonowała (co najmniej od XIV w.) szkoła parafialna. Tumult tutejszych uczniów, który wybuchł w 1549 objął wszystkie szkoły parafialne w mieście i skutkował opuszczeniem Krakowa przez młodzież szkolną. W 1589 Leliwici przekazali swoje prawo patronatu Akademii Krakowskiej. Z akt wizytacji biskupiej z końca XVI w. wynika, że do obszaru tutejszej parafii należały także przedmieścia Krakowa, m.in. Stradom i Zwierzyniec. W 1607 i 1612 biskup krakowski Piotr Tylicki zorganizował w tym kościele dwa synody diecezjalne. W 1676 przeprowadzono restaurację kościoła polegającą przede wszystkim na wzmocnieniu oskarpowania kościoła – wewnątrz świątyni wykonano opilastrowane skarpy wewnętrzne.