Z opisu wyposażenia kościoła z 1711 wynika, że wewnątrz znajdowało się nadal 9 ołtarzy, w kaplicy trzy stare ołtarze zastąpiono jednym, funkcjonowały dwie zakrystie (jedna od północy prezbiterium, druga w przyziemiu wieży), a w prezbiterium znajdowały się stalle dla kanoników kolegiaty. W jednym ołtarzy znajdował się słynący łaskami obraz Madonny sprowadzony z Węgier w 1646.

W 1702 podczas burzy runął hełm wieży – zastąpiono go wówczas prowizorycznym daszkiem, a nowy barokowy hełm wzniesiono dopiero w 1775, wzmacniając przy tym konstrukcję wieży. W XVIII w. przebudowano także wnętrze kościoła – usunięto filary oddzielające nawy i korpus nawowy pokryto nowym sklepieniem kolebkowym (gotyckie sklepienie pozostało w prezbiterium). W 1763 pokryto wnętrze polichromią pędzla Walentego Janowskiego przedstawiającą sceny z życia Jezusa i dziejów Kościoła, w tym przedstawienia synodów, które odbyły się w tym kościele. Wymieniono część ołtarzy, a w głównym w 1763 umieszczono nowy obraz z przedstawieniem Wszystkich Świętych namalowany przez Łukasza Orłowskiego.