Obecna nazwa kraju pojawiła się około 1512 roku (wypierając w drugiej połowie XVI w. prawie całkowicie Santa Cruz), gdy coraz większe zyski zaczęto czerpać z eksploatacji rdzenia drzewa Caesalpinia echinata i C. brasiliensis, które zawierało cenny czerwony barwnik (brazylina), wykorzystywany w tkactwie. Do wyrębu drzew potrzebna była siła robocza, więc wykorzystywano niewolników spośród schwytanej ludności tubylczej. Rabunkowa gospodarka dość szybko doprowadziła do wyniszczenia paubrasil i ruiny utrzymującej się z tego ludności. W tym czasie zakładano pierwsze osiedla, a pierwsze z nich São Vicente powstało już w roku 1532. Inną dochodową działalnością w XVI i XVII wieku były plantacje trzciny cukrowej przywiezionej tu z Madery i Wysp Zielonego Przylądka, które powstawały masowo na wschodnim wybrzeżu. W związku z tym, wzrastało zapotrzebowanie na niewolniczą siłę roboczą. Indianie nie nadawali się do ciężkiej pracy i masowo ginęli, więc rozpoczęto sprowadzanie czarnoskórych niewolników z Afryki.
Od początku zaczęła się ewangelizacja kraju. Ważnym misjonarzem był św. Józef Anchieta, który wylądował w Brazylii w 1553.