W XVII wieku wraz z odkryciem w Brazylii złóż złota i diamentów pojawiły się zastępy zbrojnych awanturników, bandeirantes, którzy trudnili się oprócz tego handlem indiańskimi niewolnikami. Pod koniec XVII wieku boom na cukier zaczął się kończyć i coraz bardziej nasilała się migracja ludności na zachód i południe Brazylii. Świadectwem przesunięcia centrum kolonialnego było przeniesienie stolicy z Salvadoru w stanie Bahia do Rio de Janeiro w 1763 roku.
W początkowym okresie historii kolonialnej Brazylii, Portugalczycy musieli się ścierać z próbującymi tworzyć własne osiedla Francuzami i Holendrami.
Część zbiegłych niewolników tworzyła na odległych od kolonialnej cywilizacji terenach własne osiedla zwane quilombos. Pozwalały one na samowystarczalne przetrwanie dla setek zbiegłych niewolników i ich rodzin. Przeciw nim były organizowane wyprawy zbrojne, które zawsze napotykały zacięty opór, w niektórych przypadkach, udawało się go złamać dopiero po wykorzystaniu artylerii. Jednym z większych terytoriów uwolnionych niewolników było Quilombo dos Palmares na czele którego stał Zumbi.
W XVIII wieku nastąpił ponowny rozwój rolnictwa związany z wprowadzeniem uprawy bawełny.