Pierwsza siedziba Towarzystwa mieściła się w pałacu Mokronowskich na Krakowskim Przedmieściu 9. W roku 1862, związku z wyburzeniem pałacu, wystawy przeniesiono do pałacu Ogińskich (dziś stoi w tym miejscu Hotel Europejski), stamtąd zaś w roku 1870 Zachęta przeniosła się do Muzeum Przemysłu i Rolnictwa. W 1884 roku wystawy zostały przeniesione do pawilonu wzniesionego przez Gracjana Ungra na dziedzińcu pałacu Potockich, a w 1896 - w związku z wyburzeniem pawilonu - do Resursy Obywatelskiej.

W 1900 TZSP przeniosło się w końcu do własnego gmachu, zbudowanego u zbiegu ulic Mazowieckiej i Królewskiej według projektu Stefana Szyllera (obecnie gmachu Galerii Zachęta), którego budowa była finansowana społecznie (m.in. Ludwika z Lindów Górecka ofiarowała na ten cel dom przy ul. Królewskiej 17, przylegający do nowo wybudowanego gmachu). Poza salami wystawowymi mieściła się tam również biblioteka. Poświęcenia budynku dokonał 15 grudnia 1900 biskup Kazimierz Ruszkiewicz.

Budynek był nie tylko areną promocji sztuki, ale też sceną dla „zasadniczego aktu narodowego dramatu, jakim było zabójstwo 16 grudnia 1922 roku pierwszego Prezydenta Rzeczypospolitej”, Gabriela Narutowicza.