Jesienią 1941 jednostka została przekształcona przez Niemców w 365 Szkoleniowy Batalion Wschodni podporządkowany 5 Pułkowi Szkoleniowemu (5 Feldausbildungs-Regiment), a w listopadzie-grudniu 1941 w szkołę policyjną. W związku z konspiracyjnym opanowaniem szkoły przez ruch banderowski Niemcy rozwiązali ją wiosną 1942. Stupnycki przeszedł wówczas do pracy w straży pożarnej w Równem, a potem stanął na czele Ukraińskiego Komitetu Pomocy w tym mieście.
, gdzie w sierpniu został szefem sztabu Naczelnego Dowództwa. W podziemiu przyjął pseudonim Honczarenko. Zdaniem Mychajła Kowalczuka i Ołeksandra Wowka jako szef sztabu odpowiadał za szkolenie kadr w UPA. W grudniu 1943 w związku z reorganizacją UPA opuścił dotychczasowe stanowisko i został komendantem samoobrony na północno-zachodniej Ukrainie przy sztabie UPA-Północ. thumb|right|200px|Grób Łeonida Stupnyckiego na cmentarzu w Dermaniu