Zdobycie władzy w Mawarannahrze Współpraca dotychczasowych sojuszników Husejna i Tamerlana zakończyła się z powodu ambicji dwóch władców, którzy pragnęli samodzielnych rządów. Walki między nimi toczyły się w latach 1368–1369 lub 1369–1370. Timur zmusił Husejna do ucieczki do twierdzy Balch, gdzie po oblężeniu i obietnicy zachowania życia Husejn poddał się. Tamerlan uwolnił się z tego przyrzeczenia, oddając Husejna w ręce Kejchosrou, emira Chuttalanu, który pomścił śmierć swojego brata z ręki Husejna i zabił go.

W 1370 r. Timur ogłosił chanem Sojurgatmysza z rodu Czagataja. Chan ten był zależny od Timura. Tamerlan nie mógł zostać chanem, ponieważ w jego żyłach nie płynęła krew Czyngis-Chana i Czagataja, co było wymogiem niezbędnym do objęcia tronu.

Tamerlan zadowolił się tytułem wielkiego emira oraz kurgena (czyli zięcia), gdyż jedna z jego żon pochodziła z panującej dynastii (chodzi tu o Saraj Mulk-chanum, córkę Kazana chana z rodu Czagataja, wdowę po Husejnie). Mimo skromniejszego tytułu Timur uzyskał pełnię władzy.