W kolejnych sezonach Lechia grająca na zapleczu ekstraklasy, utrzymywała się w połowie tabeli ligowej. W pierwszym sezonie zajęła 10. pozycję, a w następnym 11 natomiast w sezonie 1990/91 na 12. Później ze względu na reorganizację rozgrywek Lechia trafiła do grupy zachodniej, gdzie zajęła 8. pozycję. W sezonie 1993/94 Lechia Gdańsk zajęła miejsce 14, ostatnie dające utrzymanie się w II lidze, 15 GKS Tychy miał tylko punkt mniej od Lechii. W sezonie 1994/95 Lechia spadła do III ligi, zajmując pozycję 15 – najwyższą ze spadkowiczów.
We wczesnych latach 90. klub utrzymywał się głównie ze sprzedaży wychowanków. W styczniu 1995 prezesem klubu został wiceprezydent Gdańska – Henryk Woźniak.
Fuzja Pod koniec sezonu wiadomo było, że Olimpia nie wystartuje w kolejnym sezonie, jednakże właściciel chciał odsprzedać miejsce w lidze, doprowadzając do fuzji z innym klubem (paragraf 20 przepisów w sprawie organizacji rozgrywek w piłkę nożną mówi, że w przypadku fuzji klubów z różnych klas rozgrywkowych nowa drużyna zagra w lidze wyższej).