Napięcie między grupą reformatorską, składającą się głównie z członków czeskiej nacji, a pozostałymi mistrzami i studentami nadal rosło, przeradzając się w otwartą walkę o wpływy na uniwersytecie.

Kontrowersje wokół Soboru w Pizie Wiosną 1408 roku kardynałowie ostatecznie uzgodnili zwołanie soboru w Pizie, którego celem było rozwiązanie schizmy papieskiej. Wacław IV pokładał w tym soborze wielkie nadzieje, licząc, że dzięki nowo wybranemu papieżowi uda mu się również odzyskać tytuł króla rzymskiego, który od 1402 roku nosił Ruprecht z Palatynatu. Na sobór zaproszono króla Wacława IV, arcybiskupa praskiego oraz rektora Uniwersytetu Praskiego.

Ponieważ arcybiskup praski Zbyněk Zajíc z Hasenburka, podobnie jak Ruprecht z Palatynatu, opowiedział się po stronie rzymskiego papieża Grzegorza XII, Wacław IV zwrócił się do uniwersytetu o stanowisko w sprawie udziału w soborze w Pizie. Liczył, że poparcie szanowanej instytucji wzmocni jego pozycję podczas nadchodzących negocjacji. Problemem okazało się stanowisko niemieckich mistrzów i studentów z Saksonii i Bawarii, którzy znaleźli się w trudnej sytuacji. Studiowali w Pradze, ale po ukończeniu nauki mieli najprawdopodobniej wrócić do Niemiec, gdzie mogliby znaleźć zatrudnienie dzięki swojemu wykształceniu.