Następnie doszło do fuzji tegoż klubu z sekcją piłkarską BBTS Włókniarz, w wyniku czego 11 lipca 1997 roku utworzono BBTS Ceramed Komorowice, co jest początkiem istnienia klubu w obecnej formie. Nowa drużyna składała się w większości z „Włókniarzy”. Podejmowała ona rywali na boisku DKS Komorowice przy ulicy Olimpijskiej. Powstały w wyniku fuzji zespół zajął miejsce BBTS Włókniarz w klasie okręgowej, zaś rezerwy – miejsce Interu w klasie A (po jego spadku z klasy okręgowej). Pierwszym trenerem BBTS Komorowice został Zdzisław Byrdy, wcześniej szkoleniowiec Interu.
1997–2002: Awanse na kolejne poziomy rozgrywkowe thumb|Stadion Miejski w Bielsku-Białej – obiekt klubu od 1999 roku (stan w 2008 roku) BBTS zakończyło rundę jesienną sezonu 1997/1998 na 5. miejscu, co nie zostało uznane za wynik satysfakcjonujący. W jej trakcie, 4 października 1997 roku zorganizowano mecz towarzyski z Ruchem Chorzów, wówczas beniaminkiem I ligi, który uświetnił obchody 90-lecia klubu. Bielszczanie przegrali 1:2 z najsilniejszym składem 14-krotnego mistrza Polski (w tym: Mariusz Śrutwa, Krzysztof Bizacki, Janusz Nawrocki). Inicjatorem meczu był wychowanek BBTS, wówczas piłkarz Ruchu, Maciej Mizia. Ostatecznie BBTS zostało wyprzedzone w walce o awans przez Garbarza Zembrzyce.