Nazwa, którą nadano klubowi wiązała się z historią miasta i regionu, których losy przeplatały się z dziejami dynastii Jagiellonów. W 1932 piłkarze WKS 42 PP przystąpili do kolejnego sezonu w białostockiej klasie A, przyjmując nazwę Jagiellonii. Po wojnie reaktywacja Jagiellonii nastąpiła w październiku 1945. W czerwcu roku następnego, w nowej, totalitarnej rzeczywistości zabrakło miejsca dla Jagiellonii. Za główną przeszkodę uznano rodowód Jagiellonii, której historia była nierozerwalnie związana z wsławionym w wojnie z bolszewikami 1920 roku 42 Pułkiem Piechoty. 26 stycznia 1957 z połączenia Budowlanych Białystok i Sparty Białystok oficjalnie został reaktywowany Białostocki Klub Sportowy Jagiellonia. Klubowi przywrócono jego dawne tradycje przedwojenny herb oraz żółto-czerwone i biało-czarne barwy.
Barwy klubowe mały|Żółto-czerwone kolory Jagiellonii wywodzą się od barw zaczerpniętych z herbu miasta Białystok W statucie klubu z 1932 widnieją zapisy mówiące o herbie klubowym oraz fladze klubowej. Herb składał się z czarnej, stylizowanej litery „J” znajdujący się na żółto-wiśniowej tarczy, natomiast flaga klubowa oraz stroje były w kolorach biało-czarnych. Identyczny zapis znalazł się w statucie z 1957. W połowie lat 80.