kibice zaczęli używać kolorów żółto-czerwonych jako barw klubowych, choć w oficjalnych dokumentach widniały jeszcze barwy biało-czarne. Obecnie drużyna oficjalnie ma barwy żółto-czerwone, ale w nawiązaniu do historii drugie stroje zespołu zazwyczaj są w kolorach białych lub czarnych.
Na przestrzeni lat projekt herbu klubowego ulegał zmianom, jednak niezmiennie zawierał żółto-czerwone barwy oraz literę „J”, stanowiące jego rozpoznawalne elementy graficzne. W latach 2006–2020 obowiązywał projekt nawiązujący do herbu z 1932. Po referendum przeprowadzonym wśród kibiców, przed sezonem 2020/2021 Ekstraklasy, klub powrócił do herbu z lat 1989–1999 oraz 2003–2006, z innym kształtem tarczy oraz litery „J”.
Przedwojenna Jagiellonia
Protoplastą Jagiellonii był Klub Sportowy Batalionu Zapasowego 42 Pułku Piechoty założony na bazie żołnierzy 42 Pułku Piechoty im. Gen. Jana Henryka Dąbrowskiego. Białostoczanie w swoim pierwszym meczu pokonali Kresowców Białystok 5:1. W latach 1920–1923 odbywały się głównie mecze towarzyskie oraz turnieje miejskie.