Pewne jest, że nazwa związana była z historią regionu, którego losy przeplatały się z panowaniem Jagiellonów, dziejami Wielkiego Księstwa Litewskiego i losami przedrozbiorowej Rzeczypospolitej. W przedwojennym klubie prym wiedli lekkoatleci, m.in. Edward Luckhaus i Kazimierz Kucharski. Równie dobrze spisywały się inne sekcje – bokserzy, koszykarze, szczypiorniści i siatkarze.
W składzie piłkarskiego zespołu wyróżniali się tacy zawodnicy jak Skalimowski (pomocnik), Kudaszewicz (obrońca), Kowalczyński (bramkarz) i napastnik Antoni Komendo-Borowski. Wystąpił on w reprezentacji Polski zdobywając bramkę w meczu z Łotwą w 1935. Lata 30. thumb|left|Herb Jagiellonii lata 30. XX w. W połowie lat trzydziestych Jagiellonia zaczęła przeżywać problemy, miasto nie było w stanie utrzymać białostockiego klubu. Sytuację próbowało ratować wojsko, które po 1932 brało aktywny udział w życiu klubu. Decyzją władz miejskich w 1936 klub został przekształcony w Wojskowy Klub Sportowy Jagiellonia. Ta decyzja nie uchroniła klubu od częściowego rozwiązania, które nastąpiło to w 1938. Jagiellonia przystąpiła do rozgrywek A klasy sezonu 1937/38, ale z powodów finansowych nie ukończyła ich i została wycofana.