Wszystkie jej mecze anulowano, a piłkarze zmuszeni byli znaleźć sobie nowy klub, w większości zasilili drużynę Strzelca Białystok i ostatnie dwa sezony grali w A klasie w barwach Strzelca. Rozwiązano większość sekcji (m.in. piłkę nożną), z nielicznych sekcji, które przetrwały była lekkoatletyka. Wybuch wojny w 1939 zamknął pierwszy rozdział w dziejach klubu.
Jagiellonia po II wojnie światowej Po II wojnie światowej Jagiellonia została reaktywowana na bardzo krótko, przez przedwojennego piłkarza tej drużyny Karola Kowalczyńskiego. Oficjalnie klub istniał od 12 października 1945 do 20 czerwca 1946. Na miejsce rozwiązanej Jagiellonii, powołano do życia Klub Sportowy o nazwie Motor Białystok, który w 1946 został mistrzem okręgu białostockiego i awansował do eliminacji mistrzostw Polski. Motor w 1947 przystąpił do walki o mistrzostwo Polski oraz prawo gry w I lidze. Turniej uwidocznił braki sportowe drużyny, która zajęła ostatnie miejsce w grupie. Motor Białystok został rozwiązany w 1948, a jego sekcję piłki nożnej przejął istniejący od 1946 Klub Sportowy Wici Białystok, który w 1949 zmienił nazwę na Związkowiec Białystok.