Produkcja i wydanie gry Europa Universalis III została wyprodukowana przez szwedzkie przedsiębiorstwo Paradox Interactive; jej głównym projektantem i producentem zarazem był Johan Andersson. Oficjalnie prace nad grą ogłoszono w styczniu 2006 roku, planując jej wydanie rok później. Pracownicy studia wspomnieli w zapowiedzi o odnowionym silniku graficznym obsługującym grafikę trójwymiarową, który został użyty na potrzeby gry. Celem Paradoksu było uczynienie serii bardziej przystępną dla nowicjuszy przy zachowaniu jej złożoności. Sam silnik gry umożliwiał wyświetlanie na mapie szczegółów takich, jak drzewa czy animacje wody; w projektowaniu od strony artystycznej brał udział Craig Mullens, główny artysta gry Age of Empires III.
W maju 2006 roku twórcy zaprezentowali Europę Universalis III na targach Electronic Entertainment Expo. W październiku tego samego roku uruchomiona została jej oficjalna strona, dostępna w czterech wersjach językowych. Natomiast 10 stycznia 2007 roku Paradox Interactive ogłosiło zakończenie prac nad grą i wysłanie jej do tłoczni.